Il Museo Regionale delle Centovalli e del Pedemonte è retto da una Fondazione nella quale sono rappresentati i Comuni di Centovalli e di Terre di Pedemonte, la Pro Centovalli, l’Ente Regionale per lo Sviluppo del Locarnese e della Vallemaggia e l’Organizzazione turistica Lago Maggiore e Valli.
Gli attuali membri del Comitato direttivo sono:
| Corrado Cavalli | Presidente |
| Marco Tognola | Vicepresidente |
| Marilyn Salmina | Segretaria/cassiera |
| Mario De Rossa | Membro |
| Riccardo Varini | Membro |
| Sarah Gros | Rappresentante dell’Associazione Amici del Museo |